公司治理結構
台水依據事業經營目標及業務發展需要，設置總管理處與分支機構，以「整體經營、分區作業」方式推展業務。除綜理通盤性典章制度之規劃、監督與考核，亦統合調度人力、財務，現設有企劃處等16個處、室、中心；分支機構包含13個區管理處及3個工程處，其中，區管理處所附屬廠、所、隊負責生產、操作、維修、營業及用戶服務等實際業務。

董事會組成
台水最高治理單位為董事會，依公司章程第十四條規定，設有董事15人，監察人5人。另設置獨立董事2人，又經濟部核派台水企業工會推薦之代表擔任勞工董事，於股東會選任勞工董事3人，除定期參加公司董事會議外，並參與公司治理委員會等公司業務協調，協助發展自來水事業及推行相關政令、政策。

專業小組及委員會

台水為經濟部所屬國營事業機構，除依公司法成立董事會設置董事及監察人外，為提升董事會運作效能，並落實監督管理，於董事會下設置「公司治理委員會」及「董事會土地買賣及交換審議小組(簡稱：土地審議小組)」等功能性委員會，分別獨立行使職權。委員會成員由董事會具專業背景之董事擔任(包括2名獨立董事及1名工會推派之代表董事)，並於董事會開會前先行審議案件，以提高董事會效率，達成職能目標與提高執行效能。2021 年召開公司治理委員會會議4次(董事平均出席率為95%)，以促進公司治理效能，強化董事會組成與功能；召開土地審議小組會議3次(董事平均出席率為100%)，審議擬出售或交換之土地，以及擬購私有土地。

辦理業務防弊專案稽核

為落實定期或不定期查核制度，有效監督管理並建立良好內控機制，達到業務防弊功能，台水每年均會就前一年度肇生行政缺失較多或發現弊端之業務，由政風處辦理專案稽核，其間請相關業管單位適時提供專業協助，對台水各所屬進行實地抽檢，以督促所屬策進，提升行政效能，臻求公司廉能目標。

強化緊急應變機制

臺灣位處環太平洋地震帶上，地震頻繁，且因位在熱帶與副熱帶氣候之間，時常有颱風過境，強風豪雨成災。因西半部地區水庫集水區無顯著降雨，導致缺水危機，這對台灣本就嚴峻的水資源問題無疑是雪上加霜。為降低各類災害或突發事故造成之供水風險，台水訂定「緊急應變小組作業要點」，於中央災害應變中心或經濟部緊急應變小組需要時，成立「災害緊急應變小組」因應。台水持續強化風險管理機制。台水各區管理處依供水轄區特性，每年持續修訂緊急應變計畫相關配套措施，逐步強化預防、整備、應變及復原等各階段能力，進而提升顧客服務滿意度。