本所前身為花蓮縣玉里鎮自來水廠、富里鄉自來水廠及瑞穗鄉自來水廠，於民國63年7月1日為配合政府政策，與富里鄉自來水廠同時合併改制為台灣省自來水公司玉里營運所，並直屬總管理處，至民國63年10月第九區管理處成立後與瑞穗鄉自來水廠分別改隸第九區管理處，民國90年間本公司為簡併基層作業單位，藉以降低營運成本並提昇經營績效，經總管理處核定瑞穗營運所於91年4月1日起合併玉里營運所經營。

本所轄區玉里、富里、卓溪、瑞穗、萬榮五鄉鎮位於花東縱谷，屬第九區管理處最南端之營運所，其地理位置南北縱長，東側為海岸山脈，西鄰中央山脈，中間又有秀姑巒溪區隔，轄區範圍遼闊，因受大環境之限制，工商界投資意願不趨情況下，經建發展遲緩，且青壯年人口外流甚鉅，用水人口始終無法快速成長，展望未來本所將配合玉長公路即將通車，勢必帶來觀光人潮，並且積極找回舊用戶（停水戶、廢止戶），並加強提供量足、質優及滿足用戶用水，以裕本所營收。